Identifikasi Gen Upregulated dan Klasifikasi Kanker Prostat pada Data TCGA-PRAD Menggunakan DESeq2 dan Regresi Logistik

Arden Jani, Farel (2026) Identifikasi Gen Upregulated dan Klasifikasi Kanker Prostat pada Data TCGA-PRAD Menggunakan DESeq2 dan Regresi Logistik. Bachelor Thesis, Universitas Multimedia Nusantara.

	PDF HALAMAN_AWAL.pdf Restricted to Registered users only Download (2MB)
	PDF BAB_I.pdf Download (227kB)
	PDF BAB_II.pdf Download (630kB)
	PDF BAB_III.pdf Restricted to Registered users only Download (549kB)
	PDF BAB_IV.pdf Restricted to Registered users only Download (599kB)
	PDF BAB_V.pdf Restricted to Registered users only Download (204kB)
	PDF DAFTAR_PUSTAKA.pdf Restricted to Registered users only Download (236kB)
	PDF LAMPIRAN.pdf Restricted to Registered users only Download (1MB)
	Archive (ZIP) 00000075163_2521_LembarPengesahan.pdf Restricted to Registered users only Download (66kB)

Abstract

Kanker prostat merupakan salah satu kanker dengan insidensi tertinggi pada pria. Identifikasi gen penanda (biomarker) yang terekspresi berlebih pada jaringan kanker berperan penting dalam diagnosis dini dan pemahaman mekanisme penyakit. Penelitian ini mengidentifikasi gen upregulated pada kanker prostat menggunakan data RNA-Seq TCGA-PRAD melalui analisis ekspresi diferensial DESeq2, kemudian membangun model klasifikasi jaringan kanker versus normal berbasis gen tersebut. Sebanyak 60.488 gen dari 458 sampel kohort kulit putih (414 kanker, 44 normal) dianalisis. DESeq2 mengidentifikasi tujuh gen upregulated (PCA3, AMACR, PCAT14, COMP, ACSM1, SIM2, dan RPL7P16) dengan kriteria padj < 0,05, baseMean 10, dan log2FC > 0,35. Model Regresi Logistik yang dilatih hanya pada panel tujuh gen tersebut dievaluasi menggunakan validasi silang lipat-5 dengan seleksi gen di dalam setiap lipatan pelatihan, SMOTE per-lipatan, dan pembagian per-pasien untuk menghindari kebocoran data. Model mencapai ROC AUC 0,928 ± 0,044 dan recall 0,883, serta unggul pada ROC AUC dan recall dibandingkan stacking ensemble yang jauh lebih kompleks. Ketujuh gen terpilih secara konsisten pada seluruh lipatan (5/5), menunjukkan tanda tangan gen yang stabil dan dapat dipertanggungjawabkan.

Item Type:	Thesis (Bachelor Thesis)
Creators:	Arden Jani, Farel (00000075163)
Contributors:	Zuhdi Pane, Ivransa (8812520016)
Keywords:	DESeq2, Gen Upregulated, Kanker Prostat, Regresi Logistik, TCGA- PRAD
Subjects:	000 Computer Science, Information and General Works
Divisions:	Faculty of Engineering & Informatics > Informatics
Date Deposited:	25 Jul 2026 08:01
URI:	https://kc.umn.ac.id/id/eprint/48135

Actions (login required)

View Item